Mollet de Peralada és documentat des de l’any 944 amb el nom de: MOLETO.
Fou possessió del monestir de Sant Quirze de Colera i del monestir de Santa Maria de Vilabertran.
L’any 1954 es va fundar la Cooperativa vitivinícola.
A partir de l’any 1933 fou anomenat Mollet d’Empordà, nom oficial dels nomenclàtors de la Generalitat de Catalunya.